淳安县历史悠久。在新石器时代就有人类活动。春秋属吴、越，战国属楚，秦时为歙县辖地。东汉建安十三年（208年），孙权遣威武中郎将贺齐击山越，分歙县东之叶乡置始新县，治所在今淳安县威坪镇南3.5公里水域。又分歙县南之武强乡置新定县。治所在今淳安县西南仙居村附近。此为淳安、遂安建县之始。西晋太康元年（280年）改新定县为遂安县。隋开皇九年（589年）改始新县为新安县,并遂安、寿昌县入新安县。仁寿三年（603年），遂安县从新安县分出复立。唐武德四年（621年）遂安县移治狮城（今淳安县西千岛湖五狮岛）。隋大业三年（公元607年）改新安县为雉山县。唐文明元年（684年），复改雉山县为新安县。移治今淳安县西。开元二十年（732年）改新安县为还淳县，永贞元年（805年），避宪宗李纯名讳，改还淳县为青溪县。北宋宣和三年（1121年），改青溪县为淳化县。南宋绍兴元年（1131年）改淳化县为淳安县。1958年10月，淳安、遂安两县合并为淳安县，县政府驻排岭镇。

       三国吴置新都郡，以始新县治为郡治。西晋太康元年（280年），易新都郡为新安郡，始新县县治仍为郡治。隋开皇九年（589年）废郡置州，属婺州。仁寿三年（603年）置睦州，县为州治并属之。北宋属严州，南宋属建德府。元时，淳安、遂安属建德路；明、清属严州府；民国元年（1912年）属浙江省；3年（1914年）属金华道；24年（1935年）属第五行政督察区；后又多次变更，至1949年，淳安、遂安两县改隶第四行政督察区。1949年5月两县解放，初属建德专署，1950年撤建德专署，改属金华专署，1955年划归复设的建德专署。1958年撤建德专属，淳安属金华专属。1963年，淳安县划属杭州市。