政协淳安县委员会下设“一办六委”，即政协办公室、提案委员会、委员工作委员会、经济科技委员会、城建和人口资源环境委员会、社会法制和港澳台侨委员会、文史和教文卫体委员会。

政协办公室下设四个科室一个中心，即秘书一科、秘书二科、综合科、信息科、事业发展中心。